En época medieval las reuniones debían realizarse en torno a un gran roble cercano a la Torre del linaje de los Avellaneda -no confundir con la Casa de Juntas-, en  algún descampado situado debajo de "la cuesta fasia la torre de (el linaje de) Avellaneda", pues las primeras noticias de que disponemos no indican la existencia de un edificio.

En 1500, tras la reestructuración de las Juntas en un formato de corte representativo en el que cada concejo encartado era representado por un síndico propio, se vio la necesidad de contar con un lugar adecuado para reunirse, ordenándose la construcción de una Casa de Juntas, probablemente un edificio de dos plantas ya que sabemos que en 1535 existía una cárcel y que, varios años más tarde, se habla "del suelo de la escalera que sube al auditorio", es decir, de la cárcel a la sala de juntas. 

Esta debió quedarse pequeña rápidamente a pesar de todo y, en 1590 se mandó construir una nueva, un gran caserón renacentista a cuatro aguas con un arco de medio punto en la entrada, cuyos elementos principales (muros exteriores y arco) se conservan hoy en día. El edificio debió entrar en uso desde muy temprano aunque se no se dio por terminado hasta la colocación en 1635 del gran escudo que todavía hoy preside el edificio.

La Casa debía disponer de cárcel en la planta baja y salón en la superior. Delante se encontraba la Ermita del Ángel que llegó a finales del siglo XVII en muy mal estado aunque diversas reformas adecentaron su aspecto, manteniéndose en pie hasta 1771, año el que se decidió su derribo para construir en su lugar una gran Posada que sirviese de descanso a los Junteros y viajeros. Actualmente es un restaurante y casa rural. El Teniente del Corregidor, por su parte, debió alternar su residencia entre Zalla, Bilbao y otros lugares hasta que, en 1597, se adquirió a Santiago de Urrutia una casa cercana a la Casa de Juntas que estuvo en uso hasta que, en 1750, se decidiese hacer una residencia nueva, aun hoy en pie pero convertida en las oficinas del Museo de Las Encartacoines.

De esta manera, para mediados del siglo XVIII, el conjunto de Abellaneda se componía de un grupo de edificios de raigambre renacentista levantados en el siglo XVI -la Casa de Juntas, la Torre de Avellaneda, la Torre de Urrutia y la iglesia de San Bartolomé, estos dos últimos situados unos 200 metros más adelante- y otros de características barrocas -Casa del Corregidor, Posada de los Junteros y Palacio de Loizaga, este ubicado un kilómetro más adelante- que se completaba con varios caseríos y la calzada que atravesaba el barrio.

Todos los edificios continuarían en uso hasta que el convulso siglo XIX hiciera mella en ellos. La Casa de Juntas comenzaría entonces un proceso de degradación que casi la llevó a su desaparición a finales del siglo mientras que la Posada y la Casa del Corregidor se reconvirtieron en caseríos, al igual que la Torre de Urrutia, hoy en estado de ruina. La iglesia sufrió los embates de los diferentes conflictos y aunque se mantuvo en pie, perdió todo su mobiliario interior, reconvirtiéndose en ermita, aun en pie hoy en día. La Torre de Avellaneda, por su parte, ya debía estar en ruinas en el siglo XVIII y hoy en día no queda nada de ella mientras que el Palacio de Loizaga ha sido rehabilitado y es una vivienda particular.

Afortunadamente, durante la segunda mitad del siglo XIX las ideas románticas que se fueron imponiendo entre intelectuales y políticos dieron lugar al nacimiento de un toma de conciencia en la que destacaba la importancia de proteger y conservar la cultura y el patrimonio vasco y vizcaíno. Es cierto, no obstante, que el pensamiento romántico tendió a idealizar muchos de estos aspectos culturales , desarrollando una visión un tanto adulterada de algunos aspectos de la historia o la antropología pero, en un sentido práctico, y sobre todo en el ámbito patrimonial y lingüístico, fueron fundamentales para el nacimiento de una conciencia de conservación de "lo vasco" entre la población, siendo un ejemplo la aparición de la Junta de Defensa del Patrimonio de la Diputación Foral de Bizkaia en la que, entre otros, estuvo involucrado Antonio de Trueba.

Es proceso intelectual -y más tarde popular- es el que impidió que la Casa de Juntas -de la que para finales del siglo XIX sólo quedaban los muros exteriores, estando completamente derrumbada por dentro- acabrá finalmente desapareciendo y su reflejo fue el encargo que la Diputación hizo al arquitecto Antonio de Carvelaris para que realizase la primera gran reforma en 1901, actuación conservadora en la que principalmente se propugnó recuperar la imagen tradicional que, hasta entonces, había tenido.