"...todos estando juntos en la Junta General de Avellaneda, segun que lo han de vso e de costunbre de se juntar" (1394, primera mención de las Juntas de Abellaneda).

La primera referencia documental a las Juntas Generales de Avellaneda es muy antigua, de 1394, en plena Edad Media, aunque es una fecha que no debemos tomar como punto de inicio pues la cita da a entender que ya se celebraban con antelación y no sería extraño que se remontasen al siglo XIII, momento en el que la familia Haro estaba conformando lo que sería la Bizkaia moderna. La elección del lugar parece que estuvo condicionada por la presencia de la Torre de la poderosa familia Avellaneda, por la existencia de una calzada que facilitaba el acceso y por su situación central en la comarca.

Las reuniones se harían originalmente junto a un roble en las campas de Abellaneda, congregando a los cabezas de linaje del territorio que irían acompañados de grupos de soldados y parientes. Las Juntas, a las que parece que en algún momento acudieron miembros del pueblo, estaban presididas por el Teniente Corregidor, figura dependiente del Corregidor General o representante de la Corona en el Señorío de Bizkaia que tenía su sede en Gernika.

Esta estructura se mantendría hasta 1495, año en el que las Juntas se reestructurarían, al igual que ocurrió en otros lugares, adoptando una forma moderna. A partir de este momento, cada concejo o valle de Las Encartaciones enviaría un representante a las reuniones presididas por el Teniente Corregidor, manteniendo esta estructura hasta 1801 (en ellas no participaban las tres villas, Balmaseda, Lanestosa y Portugalete, que se reunían con el resto de villas de Bizkaia). Para acudir a las Juntas Generales de Gernika, el Cuerpo político de Las Encartaciones elegía a uno o dos representantes que hablaban en nombre de toda la comarca.

Aparte de ellos debemos señalar los casos de una serie de territorios con vinculaciones a Las Encartaciones:

Uno de ellos es Valle de Villaverde, concejo que, desde 1325 quedó separado de Las Encartaciones y que hoy sigue siendo un enclave cántabro dentro del territorio.

También son notorios los casos particulares de Barakaldo y Alonsotegi, anteiglesias con vinculación histórica con Las Encartaciones pero que, durante la Edad Moderna, formaron parte del Cuerpo político del Señorío de Bizkaia, es decir, acudían a las Juntas Generales de Gernika. El caso de Barakaldo siempre ha sido muy discutido pues Lope García de Salazar, en sus Bienandanzas e fortunas (1499), indicaba que antes de recibir el Fuero de Bizkaia en 1366, Barakaldo fue parte del Valle de Somorrostro lo que supondría su pertenencia a Las Encartaciones en época medieval. Esta profunda relación hizo que, durante las sucesivas reestructuraciones municipales ocurridas en el siglo XIX, terminase por integrarse de nuevo en el Distrito de Las Encartaciones. Alonsotegi, por su parte, ha tenido una menor vinculación histórica con Las Encartaciones, no siendo siempre una anteiglesia independiente, pues formó parte del territorio de Arrigorriaga entre finales del siglo XV y principios del XVI, y del de Barakaldo desde 1888 hasta 1990, año en el que se independizó, absorbiendo además el barrio de Irauregi, históricamente parte de Barakaldo. Esta vinculación barakaldesa y su propia ubicación goegráfica en la cuenca del Cadagua ha hecho que, hoy en día, forme parte de la Mancomunidad de Las Encartaciones, dándose el hecho de que un municipio que no ha sido parte de Las Encartaciones sea hoy uno más del territorio mientras que todos los de la Margen Izquierda y Zona Minera (Muskiz, Zierbena, Ortuella, Abanto, Santurtzi, Portugalete, Sestao y Trapagaran) que han sido encartados desde la Edad Media ya no formen parte del territorio, estando integrados en el Gran Bilbao.

Por último, debemos recordar el caso de los conocidos como Aforados de Moneo, municipios de la comarca de Moneo, en el norte de Burgos (Moneo, Villarán, Bustillo, Bascuñuelos, Villalacre, Villaverdin, Momediano y Paresotas) que estuvieron adheridos a Las Encartaciones y bajo la jurisdicción Teniente de Abellaneda y el Corregidor de Bizkaia durante parte de la Edad Media. Es un tema que aun no ha sido estudiado con todo detalle.

Siguiendo con el proceso histórico, sabemos que, con el paso del tiempo, las estructuras legislativas del Señorío de Vizcaya se fueron unificando. El Fuero Viejo de Las Encartaciones, protagonista de las reuniones medievales -y que fue puesto por escrito en 1394 por el Corregidor Gonzalo Moro- acabaría siendo sustituido por una nueva redacción en 1503, el conocido como Fuero Nuevo de Las Encartaciones. Este se mantendría en uso varios años hasta que, en 1576, las Juntas de Avellaneda decidieran adoptar el Fuero de Bizkaia, "sin menoscabo del propio gobierno y jurisdicción de las Encartaciones", integrándose en el ámbito legislativo vizcaíno aunque conservando algunas normas propias que quedaron reflejadas en la redacción del Fuero.

La integración política plena en el Señorío se retrasaría mucho tiempo, no obstante. En 1628 el Síndico informó a las Juntas de Avellaneda de los pasos dados por la Merindad de Durango -que hasta ese momento había realizado sus reuniones en la ermita de San Salvador de Gerediaga (Abadiño)- para integrarse plenamente en las Juntas de Gernika algo que harían en 1629. Pero las sucesivas propuestas planteadas en las Juntas de Abellaneda en 1635, 1639 y 1641 para iniciar el mismo camino no llegaron a buen fin.

Las disensiones dentro de las Juntas se hicieron comunes a partir de entonces, dando lugar a un proceso de desanexiones y reintegraciones de los pueblos de Las Encartaciones a lo largo de los años. En 1642 Gordexola y Gueñes se integraron en el Señorío, mientras que Zalla, Galdames y Tres Concejos lo harían en 1668, 1672 y 1682 respectivamente. Esto daría como resultado el nacimiento de las denominadas Repúblicas Unidas -Gordexola, Zalla, Galdames y Tres Concejos- y las Repúblicas no unidas -Carranza, Sopuerta, Cuatro Concejos, Trucíos y Arcentales-. La cohesión se recuperaría en 1699 pero los problemas siguieron presentes, recrudeciéndose las tensiones entre los cuerpos políticos del Señorío de Bizkaia y de Las Encartaciones durante años hasta que, en 1740, se firmó la Concordia de 1740 donde se sancionaba la separación política de ambos territorios.

La influencia del Señorío, a pesar de todo, no paró de crecer y en 1770 algunas sentencias favorables evidenciaron la derrota política de Las Encartaciones. Finalmente, en 1799 se dio inicio al proceso de integración del Cuerpo político de Las Encartaciones dentro del propio del Señorío, decretándose en 1800 la integración plena y la muerte del Cuerpo político encartado. Algunos concejos siguieron mostrando su oposición pero el 18 de diciembre de 1806 terminó por emitirse una Resolución Real que ordenaba la incorporación definitiva de los diez concejos y valles de Las Encartaciones al Señorío. Desaparecían las históricas Juntas Generales de Avellaneda.